Thiết kế bên ngoài của iPhone SE là gần như giống hệt iPhone 5S, với ngoại lệ của các cạnh vát, và logo Apple bằng thép không gỉ phía sau.[7] Nó có các màu xám, bạc, vàng, và hồng vàng.[8] Apple nói rằng các vỏ bọc được thiết kế để vừa với 5S sẽ vừa với một chiếc iPhone SE.[9] Như với máy 6S, nó kết hợp các hệ thống trên chip của Apple A9, bộ xử lý chuyển động M9, và đã hỗ trợ cho near field communication (NFC). IPhone SE có màn hình 4-inch Retina với độ phân giải 326 ppi.[10] Bộ nhớ ROM có 16 hoặc 64 GB dung lượng. Máy có camera 12 megapixel phía sau như iPhone 6S, tuy nhiên nó lại có camera phía trước 1.2 megapixel của 5S.[11][12][13][14][15] iPhone SE không trang bị 3D Touch và sử dụng cảm biến Touch ID như iPhone 5s/6/6Plus.[10]

iPhone SE đi kèm với phiên bản iOS 9.3, hỗ trợ các tính năng độc quyền của iPhone 6 và 6S như Apple Pay, Live Photos (thay vì nhấn mạnh lực như 6s thì iPhone SE phải giữ lâu), và được bật Siri tự động.[8][12][14]